Balıkesir adı daha çok bal, balık, kesir ve hisar keli­meleri üzerinde yapılan oynamalarla izah edilmek­tedir. Bir rivayete göre Balıkesir'in adı eskiden Balık Hisar şeklindeymiş. Buradaki. balık sözü Eski Türk­çe'de şehir, kale veya saray anlamı taşımaktaymış. Kale Şehri anlamını veren bu rivayete göre bu ad, XI. yüzyıldan sonra kullanılmaz olmuştur. Gerçek­ten de Orta Asya'da Beşbalık gibi bazı Uygur devri­ne ait yer isimlerinde balık kelimesinin şehir anla­mında kullanıldığı dikkati çekmektedir.
Diğer bir rivayete göre ise Balıkesir adı, balı kesir, yani balıçok, bol anlamındaki söz .grubundan gel­mektedir. Buna göre Balıkesir'in balının bol ve lez­zetli oluşu bu adı almasına sebep olmuştur.
Başka bir rivayet ise Balıkesir'in ilk kurulduğu yıllar­da buraya gelen bir yabancının iyi muamele görme­mesi üzerine. balı keser, yani hatır, gönül tanımaz adını verdiği 'şeklindedir. Buna göre bal, Arapça'da hatır, gönül anlamını taşımaktadır

Bunların dışında bölgede bir süre hakim olan İran Hükümdarı Balı Kisra veya civardaki Yılanlı Dağ'ın eski adı olan Balcea yada Pelecas'ın Balıkesir adı­nın ilk şekli olduğu ileri sürülmektedir. Fakat bunlar uzak ihtimaller olarak değerlendirilmektedir. Bütün bu rivayetler içinde en kabul edileni, buraya yerleşen Türk oymaklarının Orta Asya hatıralarını canlı tutmak için koymuş olabilecekleri Balık Hisar adıdır.

Balıkesir dışında tarihte daha çok anılan bir adı daha vardır. Bu ad yörede bir süre hakim olan Karesioğulları Beyliği'nin kurucusu Karasi Bey'den kaynaklanan Karesi adıdır. İlin gerek beylik, ge­rekse Osmanlı Sancaklığı döneminde daha çok bu adla anılmıştır. Bir rivayete göre de Karesi beyinin oturduğu kaleye Beylik Hisar adı verildiği için bu ad değişerek bugünkü Balıkesir şeklini almış olduğu söylenmektedir.

 Balıkesir dolaylarında ilk defa adı geçen şehir Agiros (Achiraus)’dur. Daha sonraları İmparator Hadrianus burada bir şato yaptırmış, Paleo diye şöhret kazandırmıştır. Sonradan burada kurulan şehre, bu isimden bozma olarak “Balıkesir” dendiği bir çok tarihçilerce kabul edilir.
Bir söylentiye göre de bu havalinin bal’ı kesir(çok) olduğundan burada kurulan şehre “Balı-kesir” denmiştir.
Balıkesir adının, bölgeyi zapteden İranlı Devlet adamlarından Balı- Kisra’nın adından geldiği veya Polikayseros’ dan bozma olduğunu söyleyenler de vardır.

Bazı tarih ve coğrafya kitaplarında Balıkesir’in yerinde “Balak Hisar” veya “Balık Hisar” yazılır. Türklerin Orta Asya’nın bir hatırası olarak, burada kurulan şehre Balık Hisar (Hisar Şehri) demiş olmaları akla gelebilir Fakat bunu ispat etmek mümkün değildir.